2018年4月，在深入推动长江经济带发展座谈会上，习近平总书记指出:“三峡集团要发挥好应有作用，积极参与长江经济带生态修复和环境保护建设。”2019年1月，中国长江三峡集团有限公司成立长江生态环境工程研究中心（简称生态工程中心）。2021年11月，经国家发改委批准，长江经济带生态环境国家工程研究中心（简称国家工程中心）成立，由中国三峡集团牵头组建，生态工程中心为筹建主体。2024年12月，国家工程中心圆满完成筹建任务和目标，顺利通过筹建验收。

国家工程中心已建立完善的组织管理体系，成立了理事会和技术委员会，实行理事会领导下的主任负责制，内设4个管理部门、6个研究机构和3个支持中心，已有各类人才242人（主岗员工），形成了“首席科学家-科研骨干-基础科研人员”人才梯队。其中博士79人，占比约33%；硕士119人，占比约49%。获得国务院特殊津贴1人；国家级、地方级人才计划头衔12人。